רבי ניסים מקבל בית כנסת משלו
אבל לצד הקמת כולל דיינות ורבנות בארץ לא זרועה, הייתה לו לרבי אליהו בקשי דורון מטרה נוספת. בת ים הייתה מרחב של שממה רוחנית כמעט מוחלטת. שממה רוחנית מלווה הפקרות ופריקת-רסן, ששימשה אב-טיפוס לעליה הכושלת מארצות המזרח. בת ים הייתה, בין השאר, מפירות הבאושים של מעללי 'עליית הנוער', שחולל שמות בעולי יהדות המזרח.
רבי אליהו בקשי דורון שאף לתקן את העיוות והעוול הנורא, לחזק את רוח המקום, ולעודד את צעירי עדות המזרח, שלמדו במערכת החינוך החילונית בעיר, באמצעות הכולל שהקים.
למרות החלל הרוחני, נרשמו לזכותה של בת ים גם נכסים רוחניים: היא הייתה משופעת כבר אז בתי כנסיות. הרב בקשי דורון הצמיד לכל אברך מלומדי הכולל שלו בית-כנסת באחת משכונות העיר, ובשעות של מנחה וערבית, כשלוש או ארבע פעמים בשבוע היו האברכים מתפזרים לבתי הכנסת 'שלהם', מחזקים את עצם תפילת מנחה-וערבית, ומעניקים שיעור ושיחת חיזוק של חצי שעה או שעה לקרוב נשמות יהודיות.
תוך כדי פעילות, היו האברכים בודקים את מזוזות הבית של הבעלי בתים שלהם, את הטליתות בבגדם, ועד כמה נותרה נשמה באפם.
אם פגע בך ארטיק זה – משכהו לבית המדרש!
זו הייתה שעתו הגדולה של רבי ניסים. בעמקי נשמתו ליהטה כל הזמן גחלת לוחשת. לקרב רחוקים לקדושה. הוא הגיע לכולל הייחודי הזה בשל לפעילות רוחנית, כשנפשו צמאה לחזק ברכיים כושלות. קיימה ליה שעתא! רעיונו של הרב בקשי דורון הגיע לחלל עולמו בשעה הנכונה, כמים קרים על נפש עייפה. הוא הניף את הדגל בכל להט נשמתו ואהבת ישראל שבו. יחד עם אברכים נוספים מהכולל נרתם לחיזוק יהודים רחוקים. גם ילדים היו מגיעים לבית המדרש. רבי ניסים היה מדבר אתם בשפתם. מושך אותם בחבלי-קסם לעולמו הרוחני. לומד אתם, מלהיב את רוחם בסיפורי צדיקים. הוא הצליח להפיח אש וחיים בלבבות חלולים. ברבות מהמשפחות – חולל מהפך של ממש.
התקופה ההיא חשפה זווית עלומה מאישיותו. ריבוי הגוונים באישיותו העצומה, והיכולת להכיל את כולם במאור פנים. מחד, היה כבר אז אישיות מורמת מעם. בוער באש-לבבו, חי בלתי לה' לבדו, ומבטל כעפרא דארעא כל שאיפה שאיננה שביל אליו יתברך. לצד זה, ללא צל של סתירה, הכיר את סגולת הירידה אל העם. ואם נוצר צורך לקנות לילדים ארטיקים כדי לזרז אותם להגיע לשיעורים, הקדיש לכך רבי ניסים מזמנו, והיה ניתן למצוא אותו ממתין בתור בקיוסק בת-ימ'י, מגשש במקררים אחר טעמים שונים של ארטיקים שיערבו ללב ילדיו הרוחניים, ויהוו מעין סולם של "שלא לשמה".
דברים ארציים מהסוג הזה היה בהם כדי לרגש את רבי ניסים. טעמים וצבעים שונים לארטיקים. כל ילד נמשך לטעם ולצבע האהובים עליו. כל צבע של ארטיק עשוי למשוך נשמה אחרת לבית המדרש! אם פגע בך ארטיק זה משכהו לבית המדרש!
בבית המדרש, כשישליך את עטיפת הארטיק, ייחשׂף הנער לזן חדש של 'עולם הזה'. זן מסוג אחר לגמרי… נפשו תתרומם, ויגבה לבבו!
